一、办公室
1.协助局领导处理本局机关日常工作；负责拟定机关办公规章制度；组织局政务值班和局领导的秘书工作。
2.负责党组会、局务会、局长办公会的秘书工作，拟写会议纪要；负责全局重要会议的管理工作。
3.负责督促检查广东检验检疫局重大工作、决策及局领导指示和上级机关交办事项的执行情况；负责政务方面来信来访的处理工作。
4.负责局公文管理工作；负责上级机关、有关部门和各地检验检疫机构来文的收文办理工作；负责本局发文的审核、登记、编号及文印的管理工作；指导各地检验检疫机构公文管理工作。
5.协助局领导进行调查研究；承办局领导重要讲话和重要文件材料的起草工作。
6.负责广东检验检疫政务信息工作。
7.负责检验检疫的新闻宣传；承办新闻发布事宜。
8.负责本局机关办公自动化的管理工作。
9.负责机关机要、档案和保密工作；指导各地检验检疫机构的机要、档案和保密工作。
10.负责拟定机关行政管理规章、制度和办法；负责局机关行政事务管理工作；会同有关处室与机关服务部门签订并履行服务合同，督促检查机关后勤服务工作。
11.协同有关职能处拟定局机关行政经费使用计划。
12.负责本局机关接待管理工作，协助做好来宾的接待工作。
13.负责本局外事工作，制定外事接待计划，并组织落实。
14.负责局机关公费医疗的管理工作。
15.负责拟定机关办公通信工具的管理办法，并负责检查落实。
16.承办局领导交办的其他事项。
【补充说明】
本局保密委员会办公室的日常工作由办公室负责。
二、人事处
1.拟定广东检验检疫系统领导班子建设计划和干部队伍发展规划及人事管理规章、制度。
2.承办广东检验检疫系统领导班子考核以及广东局管干部的考察、调配、任免、转岗交流和退休等事项。
3.负责广东局管理干部的进修培训工作；承办广东局管后备干部队伍建设的有关工作。
4.负责广东检验检疫系统公务员的管理工作。
5.负责局机关和直属单位的干部调配工作；编制本局机关、直属单位和各地检验检疫机构录用、接收高等院校毕业生和军转干部计划，并组织实施；负责指导事业单位实行干部聘用制度工作。
6.负责广东检验检疫系统专业技术干部管理和职称评审工作；负责广东检验检疫系统有突出贡献的专家等优秀人才的评价和选拔工作；承办特殊需要专业技术人员的统一调配工作；负责临时聘用人员的管理工作。
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7.负责拟定广东检验检疫系统培训和继续教育工作规划、管理办法，并组织实施；承办以广东检验检疫局名义举办的各类培训班的审核和培训证书注册登记工作。
8.拟定各地检验检疫机构和人员编制的发展规划、管理办法；负责各地检验检疫机构的设置工作；负责编报和下达广东检验检疫系统行政、事业编制和年度职工人数计划。
9.负责新开放口岸、已开放口岸的检验检疫机构设置和人员编制配备工作；承办新开放口岸的验收工作。
10.会同有关职能处拟定广东检验检疫体制改革总体方案；负责检验检疫管理体制、机构设置等等方面的改革工作。
11.负责拟定广东检验检疫系统工资福利管理办法；负责本局机关、直属单位和各地检验检疫机构的工资调整、社会保障管理工作；负责编报、下达本局机关、直属单位和各地检验检疫机构的年度工资计划。
12.负责本局机关、直属单位和广东检验检疫系统处级干部的人事档案管理工作；指导各地检验检疫局人事档案管理工作。
13.负责本局机关、直属单位的安全保卫工作；指导各地检验检疫局的安全保卫工作。
14.负责本局机关、直属单位工作纪律管理；负责局机关、直属单位和各地检验检疫局负责人的请销假工作；负责日常的奖惩工作及承办有关的申诉、控告事项。
15.负责对人事管理工作的检查、指导和监督；负责对违反人事管理有关政策和纪律的工作人员组织调查并提出处理意见。
16.负责办理局机关、直属单位干部职工和各地检验检疫局处级干部因公出国（境）政审；负责办理广东检验检疫系统广州地区干部职工及广东局管理干部因私出国（境）的审核报批工作。
17.承办局领导交办的其他事项。
【补充说明】
1.承办《边防证》的签发工作。
2.负责广东检验检疫局国家安全工作领导小组的联络工作。
3.奖惩工作。日常的奖惩工作由人事处负责。局办公会议决定奖惩的事项由人事处办理发文等事项。由监察审计室立案涉及的惩戒，由监察审计室负责。
三、财务处
1.负责拟定局机关和广东检验检疫财务、会计管理规章和制度；指导各地检验检疫机构会计达标升级和电算化工作。
2.负责拟定广东检验检疫基本建设、国有资产及着装的管理办法，并组织落实。
3.负责财务管理工作的业务指导和监督稽查工作；负责对违反财务管理有关政策和纪律的人员组织调查并提出处理意见。
4.负责编制、审核、上报、下达广东检验检疫财务收支计划（含财务专项列支计划）；负责广东检验检疫财务预算、决算及编制报表工作。
5.负责编制、审核、上报、下达广东检验检疫年度基本建设项目规划和投资计划以及决算工作；负责基本建设项目的管理工作。
6.负责或参与拟定各类经费和资金的分配计划，管理各项专用资金，并负责财务监督；负责从财务角度审核检验检疫用仪器设备的配置规划、计划，编制采购资金计划，并监督资金的使用。
7.负责广东检验检疫政府采购的管理和监督工作；负责直属单位控制社会集团购买力的管理工作。
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8.负责检验检疫票据管理工作。
9.负责拟定机关行政经费管理办法；会同有关处（室）编制本局机关年度行政经费预算和使用计划，负责本局机关财务会计工作。
11.负责指导广东检验检疫系统后勤服务和经营管理工作。
12.承办局领导交办的其他事项。
【补充说明】
1.检验检疫系统政府采购管理和监督工作的主要职责包括，研究拟定政府采购实施办法；拟定政府采购资金计划；对实施政府采购单位进行监督、检查，受理政府采购投诉。
2.检验检疫用仪器设备的配置及采购，由财务处和科技处按照分工审核各地检验检疫机构上报的计划，科技处负责组织对采购仪器设备选型的技术论证、评估，并负责技术性能方面的监督。
四、法制与综合业务处
1.负责组织拟定有关综合性检验检疫业务规范性文件以及行政执法、行政执法监督的规章制度，并组织实施；负责广东检验检疫业务规范性文件的审核、报备等事项。
2.负责拟定广东检验检疫系统法制建设规划，并组织实施；负责检验检疫工作规程和业务规范等项改革工作。
3.组织和协调国家局布置的出入境检疫传染病与监测传染病名录、禁止入境动植物名录与检验检疫商品目录的确定和调整工作。
4.负责检验检疫行政执法的管理工作；组织实施本局机关的检验检疫行政处罚、行政复议、行政应诉和行政赔偿等工作；负责普法宣传、法制教育和法律咨询工作。
5.负责承办省人大、省政府及有关部门交办的有关地方法规、规章和规范性文件的征求意见事宜；承办省人大、省政协有关提案、议案的办复。
6.协助司法、有关行政机关、仲裁机构调查处理涉及广东检验检疫工作的重大案件；负责司法调查、咨询、鉴定的管理工作。
7.负责行政执法监督、稽查工作。负责组织行政执法人员的培训、考核和执法证件的配发和管理工作。
8.会同有关部门处理口岸与内地检验检疫业务协调工作。
9.负责与海关、边检等口岸工作部门的业务协调工作。
10.负责检验检疫业务统计管理工作；组织检验检疫业务信息数据统计，负责广东地区（含深圳、珠海）检验检疫业务统计综合汇总工作；负责编发检验检疫业务综合统计分析。
11.负责组织落实国家局制定的检验检疫报检、计收费、签证（含证书、印章）、通关放行以及签证流程管理等规章制度；负责广东检验检疫系统检务管理工作。
12.负责普惠制原产地证和一般原产地证的签证管理及证书管理工作；承办给惠国退证查询处理；负责退证查询与原产地证业务分析工作。
13.负责检验检疫综合业务管理工作；负责组织广东检验检疫综合业务检查工作。
14.负责组织检务、统计等人员的业务培训工作；负责产地证签证人员的管理工作。
15.负责报检单位登记及报检员登记的管理工作。
16.承办局领导交办的其他事项。
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【补充说明】
    与海关、边检等口岸工作部门的协调。日常业务协调，以法规与综合业务处为主，有关职能处配合；口岸开放、验收的上述协调，以人事处为主，法制与综合业务处配合。
五、卫生监管处
1.负责拟定广东出入境卫生检疫、传染病监测、卫生监督及卫生处理的工作规划、计划和规章、制度。
2.负责国内外有关传染病的疫情信息收集工作；承办各口岸传染病疫情通报事项；组织有关疫情的控制和处理。
3.按国家局拟订的出入境检疫传染病和监测传染病名录（目录）,组织开展有关的传染病监测工作。
4.负责组织实施国境口岸病媒媒介生物控制和卫生监督工作；负责组织调查、收集我国口岸地区和外国（地区）口岸、交通工具、货物、运输容器、携带病媒媒介生物种类、种群的资料以及通报工作。
5.负责出入境人员及口岸人员的传染病、预防接种和健康体检的管理工作。
6.负责拟定卫生处理工作规程和办法；组织卫生处理方法的科研攻关和推广应用工作；会同有关职能处管理交通工具、运输容器和货物的卫生处理工作；负责对出入境特殊物品（血液制品、生物制品、人体组织）的检疫监督管理。